| ステージ1：機械神、出撃! |
| 南に向かい、敵を発見し、撃墜させる。 2体撃墜後、増援 |
| ステージ2：ガンダム終結 |
| 現れれる敵を倒していく |
| ステージ3：恐竜達の歓喜の時 |
| 途中、バドを優先して倒すことになる。 |
| ステージ4：異星人共闘 |
| 特になし。 |
| ステージ5：4つの巨人 |
| エヴァのENがなくならないように注意する。 |
| ステージ6：剣の鞘 |
| 多数の敵を撃墜 |
| ステージ7：赤い彗星の帰還 |
| シャアとアイナ登場 アイナ撤退でシャアも撤退。その後、アイナ・シャア共に中央に出現 アイナを先に倒さずにシャアを2度撤退させ、その後アイナとシローが戦闘会話を発生させるとアイナが仲間になる可能性有り。 マップ左側のポイントから全機出撃させ、シャアを倒していくと良い。 戦闘会話：ヒイロ・アムロ-シャア |
| ステージ8：光子力研究所の危機 |
| 突撃や必殺技を上手く使って一気に倒す。 拠点防衛を多めに配置。 防衛後、増援 |
| ステージ9：操り人形 |
| ゼクス他初期の敵を倒すと増援 戦闘会話：ヒイロ-ゼクス |
| ステージ10：静止する街 |
| しばらくするとイベント、しばらく動けなくなる。 再びしばらくすると動けなくなる。 |
| ステージ11：使徒、出現 |
| ミサトがエヴァで倒すように指示をだしたら、エヴァの必殺技で攻撃。 一体倒すともう一体出てくる。敵のHPが減らなくなったら、エヴァの必殺技で攻撃。 さらにもう一体出現。同じように倒す。 使徒は敵の後ろ側から攻撃すると普通にダメージを与えられる。 |
| ステージ12：魔界の王子 |
| 洸強制出撃 ゼクスを倒すと増援 戦闘会話：洸-シャーキン |
| ステージ13：形なす悪夢 |
| ブリーフィングでは、出撃ユニット以外は機体待機に重点を置くとよい。 アプサラスはメガ粒子砲を放ってくるので、できるだけバラけながら敵に取り付く。 サポートの足止めを使いつつ、一気に攻撃。ガンダム系ユニットで一気に取り付くとよい。 戦闘会話：シロー-アイナ |
| ステージ14：合流する力 |
| ボスのダンゲルは西側にいる。一段落ついたら向かう。 |
| ステージ15：暴走 |
| 必殺技をうまく使用する。最初から必殺技を使用して待機し、接近したら一斉に使用。出撃ポイントはCの位置が良い。あとは微調整しながらエヴァを攻撃。 |
| ステージ16：確執の行方 |
| 戦闘会話：クワトロ・ジュドー-ハマーン |
| ステージ17：剣の破片 |
| フラグメントは何度か攻撃後、周りの敵すべてを倒すとイベントが発生し、ミサトからアドバイスが来る。 何度も必殺技を使用し、フラグメントを攻撃すると普通にダメージを与えられるようになる。 戦闘会話：甲児・鉄也-暗黒大将軍 |
| ステージ18：地球破壊命令 |
| 戦闘会話：忍-シャピロ |
| ステージ19：墜ちる巨人 |
| 50体の敵を倒す。 ガンダム系で固めるか、もしくはスーパーロボット系で突撃を使用させて倒していくとよい。 |
| ステージ20：地球の光と影 |
| ダイは必殺技を利用して倒していくと良い。接近せずに、射撃中心で攻撃。直線系必殺技を利用して、複数の箇所に当てるようにするとベスト。先に前面の2ケ所を倒しておく。周りの雑魚はあまりかまわず、一気に決着をつける。 |
| ステージ21：死の翼 |
| エヴァ量産型はある程度HPが減るとHPが全快する。5000くらいまで減らして、一気に必殺技で倒す。ちなみに、9体存在する。 |
| ステージ22：最後に立つ者 |
| 最終話。普通に戦っていけばよい。 |